(クロマグロなどの)高級なマグロは希少価値が高いからだと思います。(養殖ができるようになったのも最近だと聞いています)
個人的にはクエやトラフグ・天然ウナギなどのように珍重・高値の魚はほかにもあると思いますが。とにかく、天然モノは高いですね。。。
冷凍技術が発達しだしてからの傾向だと思いますよ。昔はマグロはいたみやすく保存も利かず干物のような加工にも向かないどうしようもない魚の代表で、ほとんど捨てられていた(すぐいたむので)ということですから。(しょうゆ漬け、いわゆるヅケにしておかないと新鮮なもの以外は寿司ネタに使えなかった、ということからもわかると思います)
===補足===
ということで、新鮮なものは美味しいが腐りやすかったということで、昔はどちらかというと嫌われていた(いたんだサバと同じく、命にかかわりますから)傾向があったそうです。冷凍技術が発達してからは安全に美味しいマグロが食べられるようになりましたから、人気も出て特に美味しいといわれているマグロは高価になっていった(ビンチョウやメバチなどの比較的漁獲高の多い、大衆マグロはそれなりの値段に)というわけです。