言われてみれば、場面ごとに全く違う意味で使われている言葉ですね・・・
自分で使うとしたら、3の意味で使います。
いつも一緒にいる人に対する、消極的なほめ言葉といったところでしょうか。
あって当たり前、別になんとも思っていない(可もなく不可もない)というポーズをとりつつ、
裏には「なくてはならない」というニュアンスを暗に含みます。という意味で、ややほめ言葉です。
「大切だ」と言うのが照れくさいので、「空気みたいな」というどうとでも解釈できる比喩を使って、
意味を曖昧にしてごまかす感じですね。表向きは3、無意識の本音として2があったり、なかったり?
純粋に2の意味の場合、「かけがえのない存在」など、意味が明確な別の表現を使うと思います。
1は酷い悪口ですね。こういう使い方は、耳にすることはありますが、自分ではしません。