もやしの場合、シャリ感を残したいため十分に火を通さないことがあります。そのため微生物学的に言えば、一度流水洗浄をされたほうが安全性は高いと思われます。
いくら鮮度が高くてもその工場がどのような工場か不明ですし、作業員も分かりません。
素手で取り扱ったりしていると大腸菌や黄色ブドウ球菌もついていることもあり、実際に検査したところこのような菌を検出しております。
特に黄色ブドウ球菌の場合、増殖時にエンテロトキシンと言う毒素を生成し、そうなった場合は過熱では分解しませんので、流水で洗浄することをお勧めします。ため水は一度離れた菌が元に戻りますので、絶対にしないようにしてください。
生に近い状態で食べるものについてはできる限り洗浄されたほうがよいかと思います。
玉子などは無理に洗浄する必要はありません。むしろ洗浄するとその水と共に菌が玉子の内部に入ることがあります。通常白身にあるレシチンに殺菌作用がありますからそれほど気にすることもないのですが、玉子表面は気孔がありますので、内部に侵入しやすくなるんです。特に丸いほうは気孔の数が多いです。そのためゆで卵をすると凹みがありますが、そこが気室で息をしています。