高くはないと思います。
ECナビからの換金は(今はできませんが)1,000円につき50円、ライフマイルからの換金も同様ですので、Pex10,000ポイントを換金する場合の手数料は同額です。しかも、Pexは、換金1回につき50円ですから、1,000円を超える額の換金ならECナビ、ライフマイルより安くなるわけですし、Pexそのものの検索ポイントも貯められるので手数料分くらいあっという間(といっても25日かかりますが)に稼げます。ECナビカードは利用額の0.5%キャッシュバックですが、楽天カードなら1%ポイントバックになるので、楽天での買い物が多い人はこちらの方がお勧めです。