マイルを貯めている関係で基本はANAです。
ただ、昼前のちょうど良い時間に到着する便は、JALの方が多い気がして、たまにJALも利用しています(こちらも、マイルを貯めています)。
あと、四国などは、JASが強かったからか、JAL便が多く、九州や北陸などのメジャーではない空港でANAが強い気がします。
そのため、結局のところ、向かう地方によって使い分けている感じです。
また、私自身は、ANA、JALともに故障や気象条件で最終便が飛ばなかった、得割1(便変更できない)で3時間以上待ち、違う空港に降りてバスで移動などの仕打ちを両社で受けております。
飛行機である以上、やむを得ないことと思いますので、どっちが危険とかはあまり気にしておりません。
国内線でサービス的には、大きな差(ANAビジネスシートは、別格なので除きます)はないので、最後は、路線・時間で決めてます。
「往復運賃で購入しているときには、行きはANA、帰りは変更してJALとかもしてましたから、ベースはANAです」が最終的な回答になります。