窓口での取引が必要な資金は、普通の銀行で扱い、それ以外の分についてネット銀行で取引しているので、いまのところ特に不便はありません。
通常の窓口の銀行と違い、満期で解約された定期預金についても、(ジャパンネット銀行は開設したばかりでわかりませんが)イーバンクであれば、土日でも預け入れができるので、1、2日のブランクが生じません。
いま取引しているイーバンクもジャパンネット銀行もATM数が多いので、特に支障はないと思いますが、パソコン等での取引が面倒だと思われ、かつ運用できるお金があまり多くなければ、セキュリティ等を含めると敢えて使用する必要はないかと思います。