ヤバイと思って社長や上司に尋ねた時点で「マジ、ヤバい」と気づいていたはず。だとすれば選択肢は、①自分の業務が違法でないことを証明する法的書面を社長や上司に発行してもらい保管する、②犯罪行為に手を貸すことはできないので会社を辞める、③会社の罪を告発する、辺りではなかったでしょうか。もっとも入社時に業務説明を受けた時点での退職が無難だったのでしょうが・・・。
法律は知っているものの味方です。法的無知識者や、ましてや確信犯の味方ではありません。
===補足===
ベスト回答をいただきありがとうございます。
「ギリでセーフと思いたかった」という辺りが確信犯という気がします。ちゃんと法律の本を読んでいたら違法だってわかったと思います。