お疲れ様ですね。
御苦労さまは目上の人が目下の人間に言う言葉です。
そしてお疲れ様は目下の人が目上の人に言いますし、まあどこでもどんな立場でも使える言葉です。
うかつに言って上から目線の言葉だと言われる事はありません。
逆にご苦労様でしたと言うと新人のくせにとか自分より年下のくせにと裏で言われかねません。
ですから、お疲れ様ですでいいですよ。
おこがましいと思うのなら、笑顔で会釈するだけでもいいかもしれません。
===補足===
もしお疲れ様と言うのがおこがましくてと思うようでしたら、相手の方は自社の社長さんですよね、ありがとうございますでもいいのかなとも思うのですが、あくまでこれは自分の会社の社長に対してです。
他社の方、地域でのお付き合いの方、他人様にご苦労さん、とかご苦労様と言われた時にはお疲れ様、お疲れさまでしたと言うのが、ベストです。