ポイントサイトのクリックポイントをクリックして、ポップアップ？でポイントゲットしましたと出るのですが、広告ページの上に出...|質問・相談が会員登録不要のQ&AサイトSooda!(ソーダ)

HTMLの書き方や処理タイミングの問題です。

広告ページのHTMLソースに、「現在のウィンドウを最前面にする」処理が記述されていれば、ポップアップ画面よりも上にきます。（記述がなければポップアップ画面が上）
ポップアップのHTMLソースにも同様の記述があった場合、ポップアップと広告ページで後に処理された方が上にきます。

ポップアップの処理が先に動く→ポップアップが上にくる。
その後、広告ページの処理が先に動く→広告ページが上にくる。
結果、広告ページが上。
広告ページの処理が先に動く→広告ページが上にくる。
その後、ポップアップの処理が先に動く→ポップアップが上にくる。
結果、ポップアップが上。

各サイトによって処理の書き方やそのタイミングが違います。
その時々で違うので、そういうものだと思ってください。