私は自作ですが、確かにおっしゃる通りだと思いますよ。
私は自作にするかドスパラにするか迷いましたが、使いたいケースとマザーボードがあったので自作にしました。なるべく長持ちさせるために日本製のコンデンサを使ってる電源やマザーボードを選んだり、排熱性の優れたケースを選んだというのが理由ですが。
実際の中身の構成を比較すると、そういうところで値段の違いが出てきます。
安い部品を選んで自作すれば多少は安くなるでしょうけど、相性や信頼性の問題もありますし、ある程度の動作が保証されてる製品版を選ぶのも良いと思いますよ。